Cuốn Nam y nghiệm phương gồm 6 phần chính:
Phần một: Các bài thuốc trị các bệnh nội khoa. Cảm sốt, phong tê thấp, tiêu hoá, gan mật, tiết niệu, tim mạch, hô hấp, thần kinh, bổ dưỡng...
Phần hai: Các bài thuốc trị bệnh phụ khoa: Kinh, đới, thai, sản
Phần ba: Các bài thuốc trị bệnh trẻ sơ sinh và trẻ em (Nhi khoa)
Phần bốn: Các bài thuốc trị bệnh Ngũ quan Răng miệng, mắt, tai mũi họng, ngoài da.
Phần năm: Các bài thuốc trị bệnh ngoại thương (Thương khoa): Gẫy xương, bong gân, trật khớp, vết thương phần mềm, bỏng. Rắn rết côn trùng độc cắn.
Phần sáu: Phụ lục
- Một số bài thuốc chữa ngộ độc, giải độc.
- Một số bệnh án nội khoa hay.
- Đại cương về bào chế Đông dược
- Bảng tra cứu giải thích một số danh từ Đông y gặp trong cuốn sách
- Bảng tra cứu tên các vị thuốc, cây thuốc được sử dụng trong các bài thuốc. (Tên thường dùng, tên khác, tên khoa học)
- Bảng tra cứu phân loại các bài thuốc theo chứng bệnh: Để các độc giả tiện tra cứu khi sử dụng. Tuy nhiên sự phân loại này cũng chỉ là tương đối không thể chính xác tuyệt đối được. Bởi vì một bài thuốc có nhiều tác dụng trị bệnh khác nhau nên khi sử dụng độc giả cần xem kỹ phần hướng dẫn chủ trị đối chiếu với hội chứng lâm sàng mà ứng dụng điều trị một cách linh hoạt.